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Questo capitolo esamina le strategie computazionali attuali per esplorare gli insiemi conformazionali dell'RNA, discutendo le limitazioni legate all'efficienza del campionamento e alla precisione dei campi di forza, e illustrando le prospettive future che integrano dati sperimentali e apprendimento automatico.
Questo studio dimostra che le piccole vescicole extracellulari isolate dalla corteccia embrionale conferiscono neuroprotezione ripristinando la stabilità dei microtubuli e la respirazione mitocondriale nei neuroni anziani, un effetto mediato principalmente dall'asse di segnalazione CaMKIIα e potenziato dal BDNF di superficie.
Questo studio rivela che il fattore di trascrizione FOXC1 attiva l'espressione di ARHGAP36 per inibire la PKA e potenziare la via di segnalazione Hedgehog, un meccanismo che, sebbene associato a tumori aggressivi, predice una migliore sopravvivenza a cinque anni nei pazienti con neuroblastoma.
Lo studio rivela che l'RNA polimerasi degli spirocheti, pur avendo una capacità ridotta di sciogliere i promotori rispetto a quella di *E. coli*, compensa tale deficit tramite CarD e adotta un meccanismo di apertura del DNA unico che coinvolge il distacco precoce dell'elemento -35, fornendo così nuove basi per comprendere la regolazione trascrizionale in questi batteri patogeni.
Questo studio dimostra che lo skipping di otto esoni nel gene MDM2, indotto da stress genotossico e regolato da elementi distali nell'ultimo esone secondo un modello di "regolone", favorisce la produzione di un isoforma oncogenica che può essere bersaglio per nuove terapie antitumorali.
Gli autori hanno sviluppato un modello cellulare neuronale reversibile e induttibile di deplezione graduale di SIRT6 che, mimando l'invecchiamento in tre settimane, permette di distinguere i cambiamenti fisiologici da quelli patologici legati all'Alzheimer e di identificare nuove vie molecolari, come il trasporto nucleocitoplasmatico compromesso, accelerando così la scoperta di meccanismi di neurodegenerazione.
Lo studio dimostra che il mutante della variante istonica H2A.Z (R80C), destabilizzando i nucleosomi, sopprime il fenotipo secretorio associato alla senescenza (SASP) riducendo l'acetilazione di H3K27 nei loci genici SASP, senza influenzare l'espressione dei geni del ciclo cellulare.
Questo studio introduce il sistema reporter CHACR per decifrare i meccanismi della conversione allelica mediata da Cas9 e dimostra come l'ottimizzazione di questo processo, fondamentale per la correzione di mutazioni eterozigoti, possa essere potenziata attraverso l'uso di editor di basi e la modulazione di fattori di riparazione del DNA come DNA-PKcs e RAD51.
Questo studio rivela che il lievito *Komagataella phaffii* è un'eccezione tra i funghi poiché codifica due fattori di trascrizione Pho4 funzionali (Pho4A e Pho4B) che, pur avendo ruoli parzialmente sovrapposti, svolgono funzioni distinte e complementari nell'adattamento alla carenza di fosfato e allo stress da pH alcalino.
Un'analisi trascrittomica rivela che gli squali esprimono livelli significativamente più elevati di quattro principali pathway di riparazione del DNA rispetto a razze e pastinache, suggerendo una maggiore capacità di resistere ai danni genetici causati dall'inquinamento marino.
Questo manoscritto è stato ritirato dagli autori in quanto in fase di revisione sostanziale per l'inserimento di nuovi dati e non deve essere citato come riferimento.
Gli autori hanno sviluppato un oligonucleotide antisenso allele-specifico che, veicolato tramite metodo gymnotico, riduce efficacemente l'accumulo di EFEMP1 mutato e i depositi extracellulari in un modello derivato da pazienti di distrofia retinica a nido d'ape di Doyne, dimostrando il potenziale terapeutico di questo approccio anche dopo l'insorgenza dei sintomi.
Questo studio dimostra che l'aneuploidia nei tumori conferisce resistenza allo stress ossidativo e favorisce le metastasi attraverso la soppressione di PARP1, mediata dall'attivazione del fattore di trascrizione CEBPB in risposta alla disfunzione lisosomiale.
Questo studio dimostra che le alterazioni legate all'invecchiamento nella composizione dei lipidi di membrana guidano la formazione di polimorfismi strutturali dell'α-sinucleina che, pur mostrando un'associazione membranale ridotta, inducono una neurotossicità e una risposta infiammatoria più severe rispetto alle fibrille prive di lipidi, collegando così la dinamica di membrana alla patogenicità delle sinucleinopatie.
Il paper introduce due strategie di condizionamento senza riaddestramento, Interpolate-Integrate e Replacement Guidance, per guidare modelli di Flow Matching 3D nella generazione di ligandi bioisosteri che preservano forma e farmacofori a partire da semi o frammenti, applicandole con successo a compiti rilevanti per la scoperta di farmaci.